Seit über zehn Jahren ist die Paar Teil des Fauna-Flora-Habitats (FFH) der EU. „Bestimmte Gebiete wurden damals zur Erhaltung und Förderung ausgewiesen, dazu zählt auch das Paartal”, erklärt Wolfgang Grinzinger, Leiter der Naturschutzbehörde Aichach. Man habe den Auftrag, natürliche, gewässernahe Zustände, wie Feuchtgebiete und Wiesen zu erhalten. „Wir setzen dabei auf extensive Wiesennutzung ohne Düngung, um Lebensraum für Tier- und Pflanzenwelt zu erhalten und zu entwickeln.” Die Paarauen seien jedoch kein ausgewiesenes Naturschutzgebiet.
Das FFH-Gebiet erstreckt sich über insgesamt 2970 Hektar entlang der Paarauen. Es umfasst das Paartal von Steindorf im Landkreis Aichach-Friedberg über die Landkreise Neuburg-Schrobenhausen und Pfaffenhofen. Auch die Ecknach zwischen Adelzhausen und Aichach zählt dazu.